Нужно ли выставлять счет-фактуру без НДС при УСН

Не нужно. Если вы применяете УСН, то по общему правилу вы не должны платить НДС и выставлять счет-фактуру. Поэтому выставлять счет-фактуру даже с пометкой «без НДС» вы не должны (п. п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ).

Если вы по каким-либо причинам все же выставите счет-фактуру, то обязательно сделайте в нем пометку «без НДС». Тогда вы не будете платить налог и представлять декларацию по НДС. Это следует из п. 5 ст. 173, п. п. 4, 5 ст. 174 НК РФ.

Этот порядок не касается случаев, когда вы должны при УСН выставлять счета-фактуры с выделенной суммой НДС. Например, если являетесь налоговым агентом по НДС в сделках с нерезидентами (п. п. 1, 2 ст. 161, п. 3 ст. 168, п. п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ).